Seit dem 2. Juli 2018 ist die Naturschutzstation Ems direkt am Fluss zu Hause: Vom ersten Standort im Katasteramt Leer sind die Mitarbeiter in das ehemalige Sielwärterhaus am Sauteler Siel in Terbog (Gemeinde Moormerland) gezogen. Die  Naturschutzstation unterstützt seit Mitte 2015 die Umsetzung des Masterplans, hüten und betreuen die landeseigenen Naturschutzflächen und wirken mit bei ihrer Pflege und Entwicklung.  Anfangs bestand das Team aus Heinrich Pegel und Peter Pauschert, seit dem Ausscheiden Pauscherts ist seit Herbst 2021 Felix Närmann dort gemeinsam mit Heinrich Pegel tätig.

Das Land Niedersachsen hatte sich im Masterplan Ems 2050 verpflichtet, eine Naturschutzstation Ems einzurichten.In unmittelbarer Nähe zum Fluss in Terborg kann die Naturschutzstation nun die ihr zugedachten Aufgaben wie Naturschutz-Vermittlung und fachbezogene Öffentlichkeitsarbeit im Lernort Natur vollständig und adäquat erledigen. Angebote wie Ausstellungen und Vorträge müssen derzeit wegen der Corona-Pandemie pausieren, werden aber wieder aufgenommen, sobald es möglich ist. Die beiden Mitarbeiter tragen engagieren sich auch in der naturschutzfachlichen Feldforschung an der Ems.

Der räumliche Arbeitsschwerpunkt der Naturschutzstation liegt im Bereich der Natura 2000-Gebiete in und entlang der Tideems. Hier konzentriert sich das Betätigungsfeld auf die außendeichs gelegenen Flächen zwischen Herbrum und Außenems. Der inhaltliche Schwerpunkt liegt auf der Erfassung von Arten und Lebensräumen, der Planung, Durchführung und Kontrolle von Pflege- und Entwicklungsmaßnahmen auf landeseigenen Flächen, dem Bewirtschaftungsmanagement landeseigener Flächen, einer allgemeinen naturschutzfachlichen Beratung sowie der Mitwirkung bei der Umsetzung von Masterplan Ems 2050-Projekten.  

Originär zuständig für den behördlichen Naturschutz sind die Landkreise Aurich, Emsland und Leer, die Stadt Emden sowie in Teilen des Küstenmeeres der NLWKN als Untere Naturschutzbehörden. Die Naturschutzstation arbeitet in enger Abstimmung mit ihnen. Die beiden Mitarbeiter sind eingebunden in die Umsetzung der Masterplan Ems 2050-Projekte und in die sonstigen Emsprojekte, an denen der NLWKN beteiligt ist. Aktuell sind sie bei den Tidepoldern Coldemüntje und Stapelmoor in die fachliche Vorplanung eingebunden und arbeiten mit im Bewirtschaftungsmanagement von Landesnaturschutzflächen (außendeichs).