Der Schutz der Brut- und Rastvögel in der Ems-Region ist Bestandteil des Masterplans Ems 2050. Einige Maßnahmen des Masterplans Ems 2050 im Deichvorland könnten den Lebensraum der heute dort lebenden Vögel punktuell gefährden. So wird die Wiedervernässung alter Emsschleifen, aus denen ästuartypische Lebensräume mit Auwäldern und Röhrichtzonen werden sollen, die Qualität von Wiesenvogellebensräumen in Flussnähe verschlechtern. Auch aus diesem Grund sieht der Masterplan Ems vor, 200 Hektar für den Vogelschutz im Binnenland zu erwerben – bis zum Jahr 2050. Bei den Brutvögeln geht es dabei vorrangig um Kiebitz, Uferschnepfe und Rotschenkel sowie auch Großer Brachvogel und Bekassine, zudem sollen Rastvögel auf den Vogelschutzflächen Refugien erhalten. Flusslauf, Vorländer zwischen den Deichen sowie angrenzende Binnenflächen sind sowohl als Vogelschutz- als auch als FFH-Gebiete gemeldet.

Vor dem Abschluss des Masterplans hatten sich die Umweltverbände und die Meyer Werft im Zusammenhang mit den Schiffsüberführungen bereits über Vogelschutzmaßnahmen geeinigt. Diese Vereinbarung ist eine der Grundlagen für die künftigen Verfahren zur Standortsicherung der Werft. In der Vereinbarung von 2009 verpflichtete sich die Werft für 30 Jahre, während der Brutzeit der Vögel – konkret vom 1. April bis zum 15. Juli – keine großen Schiffe zu überführen. Damit werden die Gelege im Deichvorland vor Überflutung durch einen Emsaufstau geschützt.