Die Wirksamkeit der letztlich umgesetzten Maßnahmen und der Zustand der Ems werden durch ein Monitoring gewährleistet. Dabei wird auf ein bereits bestehendes intensives wasserwirtschaftliches Messsystem aufgesetzt, das seit vielen Jahren von Land (NLWKN) und Bund (WSV) an der Ems betrieben wird. Dazu gehören unter anderem zehn Messstationen mit kontinuierlicher Aufzeichnung der Gewässergüteparameter (Salzgehalt, Temperatur und Sauerstoffgehalt, Flüssigschlickdynamik, Tiefenprofil und Strömungen), zahlreiche Dauerströmungsmessgeräte und Messkampagnen.

Auch die Auswirkungen der Staufälle für Schiffsüberführungen der Meyer Werft auf der Ems werden durch ein Monitoring begleitet und dokumentiert.