Um die im Masterplan Ems 2050 vereinbarten Ziele umzusetzen, haben die Vertragspartner als Teil des Abkommens Prüfauftrage für konkrete Maßnahmen verankert. Gegenwärtig laufen bereits diverse Machbarkeitsuntersuchungen. Wenn Ergebnisse vorliegen, werden diese zunächst in den entsprechenden Arbeitskreisen diskutiert und dann dem Lenkungskreis vorgelegt. Dessen Entscheidung markiert den Start für die konkreten Planungen für alle erforderlichen Genehmigungen, bevor dann mit der Umsetzung begonnen werden kann.

Sollten einzelne Maßnahmen sich als nicht realisierbar erweisen, werden sie durch neue Vorschläge des gleichen Maßnahmentyps ersetzt. Das heißt, dass beispielsweise Maßnahmen zur Verbesserung der Gewässergüte nicht durch Maßnahmen aus dem Bereich Vogelschutz kompensiert werden können.